א. הבאת ובחינת ראיות ביוזמת בית הדין

בשיטת המשפט של מדינת ישראל, כמו בשיטה האנגלית, ניתן לבית המשפט תפקיד פסיבי בניהול הדיון. כך למשל, חקירת העדים מתבצעת על ידי הצדדים, ולא על ידי בית המשפט. תפקידו של בית המשפט הוא לפסוק את הדין לאחר צפייה בדיון.

בניגוד לכך, משפט התורה מטיל את עיקר הנטל של בירור האמת במשפט על בית הדין, ודווקא הצדדים הם הפסיביים בהקשר זה. ואכן, בעניין חקירת שטרות המובאים בפני בית הדין כתב הרמ"א (חו"מ סא, ט):

וכן כל שטר ישן, יש לבית דין לחקור ולפשפש אחריו, אע"ג שכתוב בו שלא יטעון הנתבע שום טענה נגד השטר, וקבל עליו בחרם ובשבועה, אפילו הכי הבית דין צריך לחקור אחר זה, כדי להוציא הדין לאמיתו.

כלומר, גם כאשר הנתבע ויתר על הזכות לבחון את השטר שמציג התובע, בית הדין אינו נפטר מחובתו "להוציא הדין לאמיתו". 

פעולה באופן כזה מצמצמת מאד את המשמעות שיש להבדלי היכולת של בעלי הדין. עוצמתו של בעל דין עשיר, שלצדו עומד עורך דין יוקרתי, נשחקת כאשר בית הדין עצמו הוא זה שחוקר את בעלי הדין, העדים והראיות שהובאו בפניו.

ב. כבוד הבריות - זכות או חובה

על הבדל נוסף עמד השופט מנחם אלון, במסגרת מאמציו להטמעת ערכי משפט התורה במערכת הקיימת: בית המשפט עסק בזכותו של מי שנחשד על ידי המשטרה בהחזקת סמים, לחיפוש שלא יפגע בכבודו האנושי. אגב כך העיר השופט אלון, שחיפוש משפיל אסור גם כאשר החשוד מסכים, בנימוק הבא (מדינת ישראל נ' ויקטור גואטה):

כך עולה, ראשית לכל, ממקורות מורשת ישראל שעמדנו עליהן. יסוד היסודות לעקרון-העל של כבוד האדם הוא שהאדם נברא בצלם אלוקים, ומכוח תפיסת עולם זו, גם הוא עצמו מצווה הוא לשמור על כבודו...

כלומר, לא מדובר בזכות של החשוד לשמירה על כבודו, אלא בחובתו של כל אדם, ובכלל זה של האדם עצמו, לשמור על כבודו. לפיכך, גם אם החשוד מתיר לשוטר לערוך בגופו חיפוש באופן משפיל, אסור לשוטר לעשות זאת, ועליו לבחור באופן לא מבזה ככל הניתן.

ג. 'לפנים משורת הדין'

בהקשר אחר סבר השופט אלון (כיתן בע"מ נ' שרה וייס ואח') שראוי שבית המשפט ימליץ לאחד הצדדים לשלם לפנים משורת הדין, אולם, היו שחלקו על דעתו. הרקע להצעת השופט אלין הוא הנוהג בכל בתי הדין הרבניים להמליץ לצדדים לנהוג לפנים משורת הדין במקרים מסוימים. יתירה מזו, ישנה מחלוקת האם ניתן אף לכפות חיוב לפנים משורת הדין (רמ"א חו"מ יב, ב):

ואין בית דין יכולין לכוף ליכנס לפנים משורת הדין, אף על פי שנראה להם שהוא מן הראוי, ויש חולקים.

גישתו של בית הדין מבוססת על ההבנה שלעתים קצרה ידה של ההלכה הסדורה לתת מענה לאירוע מסוים, ובמקרה כזה יש להרחיב את גבולות המשפט לפנים משורת הדין.

הלכות בודדות אלה ממחישות מקצת מההבדלים היסודיים שבין משפט התורה לחוקי מדינת ישראל. מכאן, ברורה החשיבות שיש לשאלה לפני איזו מערכת אדם מתייצב. פניה לבית משפט שאינו דן על פי דין תורה, מעבר לאיסור החמור שבה, מחזקת ומפתחת מערכת משפט מסוימת. זאת, במקום לפתח את מערכת משפט התורה, שנמצאת כיום בחיתוליה. האחריות לשובו של משפט התורה למקומו הראוי נמצאת ביד כל אחד מאתנו.